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科學軟件網(wǎng)提供軟件和培訓服務已有19年，擁有豐富的經(jīng)驗，提供軟件產品上千款，涵蓋領域包括經(jīng)管，仿真，地球地理，生物化學，工程科學，排版及網(wǎng)絡管理等。同時還有的服務，現(xiàn)場培訓+課程，以及本地化服務。Working with core labs that use structured naming conventions to track data for individual clients, we developed the Assemble by Name strategy that has become such a powerful and popular tool for combining multiple sequencing projects into a single analysis run.
Automated Analysis
Sequencher batch processes your DNA sequence data in a way that is transparent, user definable, and recoverable, and Sequencher never jeopardizes the validity of your scientific conclusions for the sake of automation. Sequencher always gives you the final choice in your sequence editing.
Sequencher DNA序列分析軟件是科學家們必備的工具。持續(xù)發(fā)展和改進超過25年，Sequencher提供了無與倫比的功能特征，成千上萬的出版物都有相關的應用介紹。新手用戶可以以少的時間投資產生結果，而有經(jīng)驗的用戶會驚嘆于功能的深度和控制。Sequencher自帶各種專有算法，可以為Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列數(shù)據(jù)生成結果。
FastQC質量控制報告
在開始調整數(shù)據(jù)之前，先停下來考慮一下，我們的數(shù)據(jù)到底如何？現(xiàn)在我們可以用FastQC Quality Reports。我們在Sequencher中添加了FastQC程序。從Sequence > Analyses > FastQ Quality Report…啟動此功能，您可以得到多達12種不同的度量結果。從‘Per base sequence quality’ 到‘Kmer Content’，從Sequence Duplication Levels’ 到 ‘Overrepresented sequences’，結果給出一個易于理解的交通燈系統(tǒng)圖以及更詳細的圖表。
在組裝前，使用報表個人數(shù)據(jù)集的質量，或隨時質量。
RNA-Seq
RNA-Seq實驗正在為蛋白質編碼轉錄物的研究帶來新的理解和知識，是否從不同時間點或在正常狀態(tài)和疾病狀態(tài)之間的正常組織。Sequencher家族新的程序是Cufflinks suite，研究RNA-Seq NGS數(shù)據(jù)的一系列程序。使用您喜歡的aligner對齊RNA-Seq NGS數(shù)據(jù)到參考序列中，然后使用SAM或BAM結果文件和參考GTF文件來啟動Cufflinks。重點使用Cufflinks, Cuffmerge, Cuffdiff以及終數(shù)據(jù)以表格和圖形展示這四個步驟過程的差異表達。Cufflinks suite命令行程序可以使用我們易于使用的圖形界面。對于終控件，您也可以訪問所有命令行函數(shù)，通過簡單的點，然后單擊Advanced（Edit）對話框。
Sequencher DNA序列分析軟件是科學家們必備的工具。持續(xù)發(fā)展和改進超過25年，Sequencher提供了無與倫比的功能特征，成千上萬的出版物都有相關的應用介紹。新手用戶可以以少的時間投資產生結果，而有經(jīng)驗的用戶會驚嘆于功能的深度和控制。Sequencher自帶各種專有算法，可以為Sanger, Next-Gen Sequencing (NGS)和RNA-Seq序列數(shù)據(jù)生成結果。
BLAST and Local-BLAST
BLAST這個工具經(jīng)常被使用，但是有很多參數(shù)和選項，可能不會對每個內存都有影響。Sequencher Connections幫助您在更少的時間內做更多的事情，并比較您的結果。您想將結果與不同的設置進行比較嗎？您想把您的搜索分成不同數(shù)據(jù)庫供個人查詢嗎？也許近出版了一些東西，現(xiàn)在在數(shù)據(jù)庫里，或者您知道一些關于您自己數(shù)據(jù)的新東西。連接允許您同時運行許多不同的數(shù)據(jù)庫搜索，返回的結果與完成的速度一樣快。然后，您可以保留所有的結果，并可以使用示意圖。該示意圖是一個平行的圖形顯示，把您的結果顯示在所有分析中，對于一個序列來說，BLAST是不可能的。如果您能用一個序列來完成所有的事情，想想您在同一個會話中使用大量的序列時能做什么。
Primer-BLAST
使用Primer-BLAST分析序列并檢查特。
并行分析-- 使用幾組不同的設置集，在同一序列上運行，甚至在沒有書寫腳本的情況下，即使是不同的序列。單擊一次就可以將數(shù)據(jù)保存到項目中。新的引物被自動標記為GenBank風格的特征鍵，使它們更容易在對齊中看到。這些引物通過方向進行顏色編碼，以便于在使用它們的任何時候進行識別，并且您永遠不會因為它們的命名約定而混淆它們。
MUSCLE和Trees
當您想在DNA序列中尋找保護區(qū)域時，讓MUSCLE來實現(xiàn)。它比許多其他多序列比對更快速，精度更高。MUSCLE操作簡單，與Sequencher Connections一起不僅可以看到對齊的區(qū)域，還可以看到矩形或圓形樹格式的結果。您可以在同一組序列上設置幾個MUSCLE運行，每個分析（或通道）設置為使用不同的參數(shù)。您想將不同的數(shù)據(jù)集保持在一起，但是運行相同的MUSCLE參數(shù)嗎？將它們添加到相同的連接會話中，因為會話中的每一行可以包含不同的序列組。MUSCLE運行在不同的通道和行，并且可以比較，給您一個特數(shù)據(jù)視角。
科學軟件網(wǎng)專注提供正版軟件，跟上百家軟件開發(fā)商有緊密合作，價格優(yōu)惠，的和培訓服務。
科學軟件網(wǎng)是一個以引進國外優(yōu)秀科研軟件，提供軟件服務的營業(yè)網(wǎng)站，網(wǎng)站由北京天演融智軟件有限公司創(chuàng)辦，旨在為國內高校、科研院所和以研發(fā)為主的企業(yè)事業(yè)單位提供優(yōu)秀的科研軟件及相關軟件服務。截止目前，科學軟件網(wǎng)已獲得數(shù)百家國際軟件公司正式授權，代理銷售科研軟件數(shù)百種種，軟件涵蓋領域包括經(jīng)管，電力系統(tǒng)模擬，地球地理，生物化學，工程科學，排版及網(wǎng)絡管理等。同時，還提供專業(yè)培訓、視頻課程（包含34款軟件，66門課程）、實驗室解決方案和項目咨詢等服務。 不管您是需要購買單款軟件，還是制定整個實驗室的購買方案，都可以提供。重點軟件有：SPSS, Stata, Minitab, Matlab, GAMS, Mathematica, Tableau, SAS, LinGo, Mplus, @risk, Risk Simulator, EViews,NVivo/Atlas.ti/MaxQDA, 動態(tài)均衡模型，靜態(tài)均衡模型，OxMetrics，Vensim/Ithink/Stella，Crystal Ball ，Alogit，GAUSS，GTAP，GEMPACK，HLM，Lisrel，NCSS，Netminer，Nlogit ，Stat/Transfer，SUDAAN，SYSTAT，TreeAge，PASS，nQuery，UCINET，RATS/CATS，Latent GOLD，Kwalitan，NeuroSolutions，TableCurvePSCAD，Enerplot，F(xiàn)ACE，E-Tran，SIDRA TRIP，SIDRA INTERSECTION，Remo 3D，HOMER，Surfer，Grapher，Sigmaplot，GraphPad Prism，KaleidaGraph，Mapviewer ，Voxler ，Strater，Didger，RFFlowHydrus，GMS/SMS/WMS ，Visual Modflow，F(xiàn)lo-2d，Earth Volumetric Studio（EVS）Geostudio，RockWorks，PetraSim，AquaChem，AquiferTest，Hydro GeoAnalyst，Groundwater Vistas，TerrSetSequencher，SIMCA ，Wien2k，Q-chem，Chembiooffice ，Chembiodraw ，The Unscrambler ，Spartan，Array Designer ，Beacon Designer ，AlleleID ，Beacon Designer，Chemcraft，ChromasPro，CLIMEX DYMEX，Geneious，PC-ORD，Primer Premier，PrimerPlex ，RBCA Tool Kit for Chemical
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